На серверах уезжало время. Синхронизация настроена, источник доступен, но расхождение возвращалось.
Время переписывал агент системы контроля персонала, установленный на тех же машинах. Служба синхронизации работала штатно — её результат просто затирали следом. Нашлось сопоставлением момента расхождения с журналом запусков стороннего сервиса.